Le système des Nations Unies en Mauritanie compte trente-neuf agences impliquées dans tout le pays. Sept d'entre eux sont directement représentés, il s'agit de la FAO, du HCR, de l'OMS, du PAM, du PNUD, du FNUAP et de l'UNICEF.

Les organismes représentés en Mauritanie a adopté en Décembre 1999 la coordination de la charte qui vise à améliorer l'efficacité du système des Nations Unies et de son impact, et de présenter au gouvernement et à la société civile une image cohérente de l'Organisation des Nations Unies, ce qui reflète ses priorités.

Coordonné principalement par le Coordonnateur résident, qui est le représentant désigné du Secrétaire général et chef de l'équipe de pays des Nations Unies.

Le coordonnateur résident représente toutes les agences non résidentes opérant en Mauritanie et les fonds associés. Ce rôle incombe au représentant résident du PNUD.

L'équipe de pays composée des chefs de toutes les agences résidentes est le principal organe décisionnel au sein du système des Nations Unies. Ce sont des stratégies appropriées pour mettre en œuvre et coordonner les activités des agences au niveau des pays dans les domaines de la programmation, de l'administration, de la communication et du suivi et évaluation.

Le coordonnateur résident et l'équipe de pays sont assistés par une unité inter-agence, l'unité de soutien à l'équipe de pays (CAEP). Elle contribue au niveau conceptuel, la coordination programmatique et opérationnelle des agences activités du système des Nations Unies République Islamique de Mauritanie et développer davantage les organismes de services communs.