Freedom House a été créé en 1941 à New York City. Sa création est le résultat d'une fusion de deux groupes qui avaient été formés, avec l'encouragement au calme du président Franklin D.Roosevelt, pour encourager le soutien populaire pour l'implication américaine dans la Seconde Guerre mondiale à un moment où les sentiments isolationnistes étaient vives aux États- États.

Dès le début, Freedom House a été marquée par son caractère bipartisan. Ses fondateurs étaient un groupe diversifié d'éminents et influents Américains: journalistes, dirigeants patronaux et syndicaux, des universitaires et d'anciens responsables gouvernementaux. Une figure clé parmi ses premiers dirigeants était Wendell Willkie, le candidat républicain à la présidentielle en 1940. Eleanor Roosevelt était aussi un ardent partisan et a servi, avec Willkie, en tant que premier co-président d'honneur de l'organisation.