Compte tenu de l'ampleur de la mission attribuée à la Trésorerie Générale de Tunisie, la Cour des Comptes a effectué une mission de contrôle dont l'objectif est d'estimer le degré de réalisation de sa mission. Les conclusions ont été portées sur le rôle du TGT dans l'exécution du budget, la gestion des opérations de trésorerie et la gestion de la dette . Elles sont également portées sur la consolidation et le contrôle des comptes, l'organisation et le système d'information. La mission de contrôle s'étend principalement sur la période 2009-2012.
La mission de contrôle effectuée par la Cour des comptes de l'UE pour mais d'évaluer la performance de l'ATFP dans le domaine de la formation professionnelle et de la conformité de sa gestion administrative et financière aux textes réglementaires en vigueur. Cette mission a couvert les services constitués de l'ATFP, 55 centres de formation professionnelle et 5 intendances couvrant 12 centres. La mission de contrôle s'est étendue sur la période 2008-2012 avec possibilité d'étendre la période en cas de besoin.