Créée en 1975 de la fusion de la Caisse nationale de retraite et de prévoyance sociale (toutes deux créées au lendemain de l'indépendance du pays en 1959), qui se partageait le champ de la retraite, pour le premier, et celui de la couverture-maladie pour le second la CNRPS. a depuis la personnalité juridique et l'autonomie financière qui ont pour corollaire la capacité juridique et l'autonomie de gestion.
en 1998, les services de la CREGT (Case retraite de l'électricité du gaz et des transports) ont été transférés à la CNRPS.