اغتيل سمير قصير في يونيو 2، 2005، في بيروت، عندما انفجرت قنبلة وضعت تحت سيارته. كان الموت المأساوي لهذا الصحافي والكاتب واحد من العديد من المحاولات لإسكات المفكرين الأحرار اللبناني، ووضع حد للانتفاضة الاستقلال، ومنع الرياح بيروت من الحرية من الانتشار في جميع أنحاء المنطقة. ولذلك فقد سمير قصير، الذي كتب تاريخ بيروت تصبح، جزءا من هذا التاريخ.

نموذج النهضة الفكرية التي تجسدها سمير قصير أثناء حياته وفي لحظة وفاته، من خلال مقالاته والبحوث الأكاديمية، وقد وضعت له في طليعة قادة الرأي اللبنانيين والعرب الذين دفعوا حياتهم لمحاربة الاستبداد و قيادة بلادهم في الحرية والاستقلال.

التزاما بقيم سمير قصير وتطلعاته ، وإيمانًا بضرورة تجديد الثقافة العربية من خلال حرية التعبير ، أنشأ العديد من مثقف وأصدقاء سمير قصير مؤسسة سمير قصير ، التي تأسست رسمياً في بيروت تحت رقم التسجيل 30 / AD ، بتاريخ فبراير 1 ، 2006.

مؤسسة سمير قصير هو منظمة مدنية غير ربحية، تعمل في إطار المجتمع المدني والدوائر الثقافية لنشر ثقافة الديمقراطية في لبنان والعالم العربي وتشجيع المواهب الجديدة من صحافة حرة، وبناء حركة ثقافية وديمقراطية، والتجديد العلماني. هذه هي الشروط لرفع السكان العرب من حالتهم اليأس.

بنيت مهمة مؤسسة سمير قصير حول ثلاثة أركان:
- الركن الأول: حفظ وترجمة ونشر تراث سمير قصير الأدبي والأكاديمي والصحفي.
- المحور الثاني: تعزيز الحرية الثقافية والفكر الحر من خلال المؤتمرات والندوات المتخصصة ومهرجان فني سنوي يتيح لكافة الفئات الاجتماعية الوصول إلى التعبير الثقافي العالمي.
- المحور الثالث: الدفاع عن حرية الصحافة من خلال رصد وتوثيق الانتهاكات التي يتعرض لها الصحفيون والإعلاميون ، ومنح جوائز للصحفيين الشباب.

إجراءات المؤسسة لا تقتصر على الركائز الثلاثة المذكورة آنفا. تشارك المؤسسة في كل ما يكرم ذكرى سمير قصير، ويسهم في تحقيق له الازدهار من أجل الحرية والنهضة. وكانت هذه التطلعات اللتين سمير قصير كرس حياته.